O Conselho Científico é o órgão de gestão da Faculdade de Ciências e Tecnologia com as competências de:
Apreciar o plano de actividades científicas da Faculdade;
- Pronunciar-se sobre a criação, transformação ou extinção de unidades de ensino e de investigação;
- Deliberar sobre a distribuição do serviço docente, sujeitando-a a homologação do Director;
- Pronunciar-se sobre a criação de ciclos de estudos e aprovar os planos de estudos dos ciclos de estudos ministrados;
- Propor ou pronunciar-se sobre a concessão de títulos ou distinções honoríficas, mediante voto favorável de 2/3 dos seus membros em efectividade de funções;
- Propor ou pronunciar-se sobre a instituição de prémios escolares;
- Propor ou pronunciar-se sobre a realização de acordos e de parcerias internacionais;
- Propor a composição dos júris de provas e de concursos académicos;
- Praticar os outros actos previstos na lei relativos à carreira docente e de investigação e ao recrutamento de pessoal docente e de investigação;
- Pronunciar-se sobre as propostas de nomeação dos Coordenadores e Comissões Científicas dos cursos.
- O Conselho Científico funciona em reunião plenária ou em reunião das comissões permanentes.
O Conselho Científico é composto por 24 representantes eleitos pelo conjunto dos Professores e investigadores de carreira, Restantes docentes e investigadores em regime de tempo integral e Representantes das unidades de investigação reconhecidas e avaliadas, com classificação superior ou igual a Bom.